Projektą Rail Baltica įgyvendina trys Baltijos šalys – Estija, Latvija ir Lietuva.
Projekto Rail Baltica naudos gavėjai yra trijų Baltijos šalių ministerijos – Estijos Klimato ministerija, Latvijos transporto ministerija ir Lietuvos susisiekimo ministerija. 2014 m. jos įsteigė bendrą įmonę „RB Rail “ – pagrindinę koordinatorę, kurios tikslas yra nutiesti geležinkelį ir vystyti projektą Rail Baltica.
OU „Rail Baltic Estonia“, Latvijos įmonė SIA „Eiropas Dzelzceļa līnijas“, Lietuvos įmonės UAB „Rail Baltica statyba“ ir LTG Infra yra nacionalinės įgyvendinančiosios institucijos. Visi įgyvendinančiųjų institucijų vykdomi statybos darbai atliekami prižiūrint „RB Rail AS“ remiantis bendraisiais pirkimų principais, taisyklėmis ir sutarčių šablonais.